Ballesteros ingresó en el cuerpo en 1980 y desde 2004, nada más ser ascendido a inspector, fue designado por el jefe superior de Policía del País Vasco, Enrique Pamiés, como responsable del grupo que la unidad de terrorismo islámico de la Brigada de Información tiene en Vitoria.
El Ministerio del Interior notificó al inspector de la Policía Nacional José María Ballesteros, imputado en el chivatazo a ETA, su ascenso a inspector jefe por haber superado la oposición interna a la que se presentó para adquirir esta categoría profesional.

El recién ascendido está imputado en el sumario del Faisán como la persona que entró el 4 de mayo de 2006 en el bar de Irún y entregó un teléfono móvil a su propietario y presunto miembro de ETA, Joseba Elosúa, para que supuestamente el jefe superior Pamiés le contase que se iba a desencadenar una redada policial para desarticular el subaparato de extorsión de la banda que él, su interlocutor, está acusado de dirigir.